川崎病目前病因不明，属于免疫性疾病，主要发生在全身中、小血管，引起炎症性疾病。冠状动脉为最容易累及的血管，主要研究表明如下：
1、病原菌感染：部分研究学者发现，川崎病与部分病原菌感染有关，如病毒、支原体、衣原体等感染以后，引起体内强烈的免疫炎性反应，而造成各种小血管黏膜，以及中血管的病变；
2、基因：可能与人种的基因有关，如亚洲人更容易得川崎病。
川崎病主要由日本的一位学者发现，以他的名字川崎来命名，实际为皮肤黏膜淋巴结综合征。患者会在口唇、眼睛、结膜、舌以及手、脚等部位，出现皮肤黏膜血管的变化，在中等血管、冠状动脉，亦容易被累及。有部分的研究发现，在肾脏部位也可能发现川崎病的病变。