如果仅仅是促甲状腺激素升高，而总甲状腺激素和游离甲状腺素正常，称之为亚临床性甲状腺功能减退症，并非所有的亚临床甲减都需要治疗，有几种情况需要区别对待。如果是男性或非妊娠期的女性，轻度亚临床甲减，也就是促甲状腺激素＜10mIU/L，没有任何临床症状，不需要药物治疗，定期复查甲状腺功能即可。
轻度亚临床甲减，即促甲状腺激素＜10mIU/L，如果患者伴有甲减症状，如怕冷、乏力、便秘、易疲劳、浮肿等，同时甲状腺过氧化物酶抗体阳性、血脂异常，或有动脉粥样硬化性疾病，需要应用左旋T4进行治疗。
对于重度亚临床甲减，即促甲状腺激素＞10mIU/L的患者，需要给予左旋T4替代治疗。治疗过程中需要定期监测促甲状腺激素水平，以免药物使用过量，诱发心律失常和骨质疏松。70岁以上的老年亚临床甲减患者的治疗目标，目前还存在争议。＞70-80岁的患者，血清促甲状腺激素治疗的目标可以放宽到4-6mIU/L。
由于甲状腺激素对胎儿的生长发育非常重要，所以妊娠期妇女的治疗与普通人相比有比较大的差别，分为以下几种不同的情况：
1、如果促甲状腺激素＞4mIU/L，应该开始使用左旋T4治疗，产后可以停用，但是要在产后六周复查甲状腺功能和甲状腺抗体；
2、如果促甲状腺激素在2.5-4mIU/L之间，妊娠期亚临床甲减的妇女若甲状腺过氧化物酶抗体阴性，不需要进行治疗，而甲状腺过氧化物酶抗体阳性则需要用左旋T4治疗；
3、促甲状腺激素＜2.5mIU/L，而甲状腺过氧化物酶抗体阳性，患者不需要治疗，但需要监测甲状腺功能变化。