小儿急性肾功能衰竭的预后与原来疾病、对肾脏以及机体伤害密切相关，总体来说预后可能会较好，可能相对较差。有数据研究表明，如果单纯因为感染性休克、血容量不足引起的急性肾损害，通过及时有效治疗后，肾功能可能会较快恢复，大部分患儿肾功能可恢复正常。
另外，可能有部分特殊因素，比如药物伤害引起，或者其它炎症因子引起。处理过程中需观察患者对药物的敏感性，即药物对肾脏的损害可为药物敏感性问题、浓度问题。肾脏损害可能相对恢复较慢，前提为进行正确恰当处理。如果小儿急性肾功能衰竭发现不及时，诊断、处理不及时，预后相对可能会较差，有可能 会造成永久性肾功能损害，需替代治疗。小儿肾功能衰竭的预后取决于早期诊断、早期治疗，以及积极采取防御措施。