慢性肾炎患者伴有肾结石，治疗相对棘手，要根据肾结石部位和大小来决定，如果肾结石大小＜6mm，主要在肾盂里，没有造成肾脏结构改变，没有影响肾功能，则以保守治疗为主，需要多喝水、多运动，使其自行排出，如果肾结石＞6mm，造成肾脏积水，甚至影响肾功能，就要相对积极的进行治疗，可以体外碎石或者腔镜取石。
但是需要强调，这两个方法对肾脏有一定伤害，切勿反复使用，有些患者反复出现肾结石，此时要寻找反复出现肾结石的原因，比如是否有钙的代谢紊乱，是否有甲状旁腺的因素，要寻找原因以后进行病因治疗，才能杜绝肾结石的反复发生，因此慢性肾炎出现肾结石也应该寻找病因，进行病因治疗，才 能取得良好效果。