免疫性脑炎后遗症状根据脑炎轻重程度划分。免疫性脑炎可轻可重，轻症患者可能表现为一过性精神症状或者轻度的症状，如记忆力问题，治疗后即可痊愈，预后较好。较重的自身免疫性脑炎患者，其免疫系统较活跃，对脑部攻击范围较大，可能会出现严重的癫痫即抽搐，患者可能呼吸功能会受到影响，严重时可能会导致死亡。还有一些患者可能会遗留部分癫痫，时常会出现癫痫发作或者精神症状。
患者精神出现问题时会在病房中打砸，到处乱冲。比较严重的患者会出现整个大脑弥散性病变。患者需长期卧床，甚至出现呼吸循环不平稳，需要 用呼吸机或者升压药物维持生命体征。