高位肛瘘的内口位于外括约肌深部以上，由于位置比较高，治疗起来比较棘手，稍不注意往往容易造成括约肌深部损伤，导致大便失禁，所以治疗起来要相当谨慎。常用的手术如下：
1、肛瘘切开术：即从外口切到内口，然后把创面敞开，每日换药；
2、肛瘘切除术：肛瘘切除术是把肛瘘切开以后，把管壁尤其是纤维化的管道给它清理干净，然后慢慢换药生长；
3、肛瘘挂线术：肛瘘挂线就是切到外括约肌深部以后，外括约肌深部挂一个橡皮筋，通过橡皮筋慢性切割作用把括约肌切断，随着慢慢换药一边切一边生长，不会导致大便失禁；
4、肛瘘切除缝合术：失败率往往比较高，因为肛瘘属于污染 切口，所以缝合很难完全一期愈合；
5、瘘管清创加纤维蛋白胶注射、肛瘘栓填塞术：肛瘘栓填塞术是一种生物制剂，塞入肛瘘以后慢慢生长，蛋白质跟人的组织完全融合在一起，可以减少创面愈合时间；
6、括约肌间瘘管结扎术：又称为LIFT手术，是一种微创的治疗办法；
7、括约肌间瘘管结扎加肛瘘栓填塞术；
8、视频辅助肛瘘治疗术：也称为VAAFT手术。