孩子发生鹅口疮，实际是发生真菌感染。如果需要用药治疗，可以使用抗真菌的药物，比较常用的是制霉菌素，因为该药物不经肠道吸收，局部涂抹便可。同时还可使用碳酸氢钠，即小苏打，可以用于清洗口腔，即使用无菌的手套，蘸取碳酸氢钠水给孩子清洗口腔，每次喝完奶后清洗，再蘸着制霉菌素甘油进行涂抹。
鹅口疮是急性假膜型念珠菌感染，所以真正发生鹅口疮后，不主张自己治疗。因为对于孩子，鹅口疮属于大病，有时鹅口疮可以发展到咽喉、食管、肺，有一定危险，一定在医生指导下用药。通常发生鹅口疮的孩子较小，比如新生儿、小婴儿，所以一定是在妇幼医 生、口腔黏膜科医生或儿科医生的指导下用药治疗。