做完无痛胃肠镜通常1天后可以正常饮食，做胃镜与肠镜前受检者需要服用大量泻药进行肠道准备，可能会导致肠功能受到影响。并且做肠镜的过程中也会对肠道有所刺激，做完肠镜后部分患者会感觉腹部不适，肠鸣音增加，甚至有些患者出现间断性腹痛的表现。此时饮食以清淡为主，低盐、低脂，避免暴饮暴食、饮酒，或者食用高脂类食物，否则会加重胃肠道负担，使肠功能恢复缓慢。
如果在胃肠镜下进行治疗，如多点取活检或是做胃息肉切除术，这些患者术后有可能需要3天或者5天才可恢复，等恢复后才能再进行正常饮食 。如果立刻进食辛辣、刺激的食物或者一些不易消化的食物，则会增加胃肠道负担，使创面不易恢复，甚至可能出现迟发性出血。