小肠溃疡可见于多种疾病，病因比较复杂，除了感染性疾病以外，炎症性肠病、克罗恩病、缺血性疾病、药物以及淋巴瘤、自身免疫性疾病都可以导致小肠溃疡，所以需要鉴别病因，再进行治疗，治疗相对比较困难。小肠溃疡治疗比较复杂，患者应该积极配合医生进行各项检查。对于存在明显症状，甚至出现并发症的小肠溃疡患者，需要长期服用特殊的药物，如5-氨基水杨酸、免疫抑制剂等。
在长期治疗过程中，可能需要反复进行小肠镜、结肠镜等检查，所以要求患者遵从医嘱。患者出现并发症时需要进行手术，比如由于溃疡造成的梗阻或者穿孔， 需要手术治疗。对于单发，以及没有症状的小肠溃疡，可能无需特殊药物治疗，间断复查小肠溃疡即可，某些小肠溃疡有自愈倾向。