肝外胆管结石应用药物无法排出，最好的方式是手术治疗。胆总管堵塞会并发感染，出现高热、疼痛以及黄疸等症状。胆管内结石无法顺利排入肠道，继续阻塞胆管将会导致胆管炎性感染，同时胆管内压力非常高，胆道内细菌会逆行扩散，甚至致病菌和毒素通过肝窦到达肝静脉中，逆行进入循环，容易引起全身中毒症状，如寒战、高热。胆道被结石完全堵塞，可以引起急性化脓性胆管炎，这是一种非常危险的疾病，如果治疗不及时短期内会导致死亡。
胆汁无法流入肠道，梗阻1-2天会出现黄疸、尿色变黄、便色逐渐发白如陶土样。梗阻长期不治愈会带来淤积性胆汁肝病 变，最终出现门脉高压。泥沙样结石较容易排出，但是一般结石无法排出，与结石性质、形状、患者胆道功能有关。