糜烂性直肠炎的治疗需要根据病因，进行对因治疗，才能取得较好结果，具体如下：
1、急性感染性腹泻导致的直肠黏膜受损，此时需要有效的抗感染治疗，当腹泻停止后糜烂性直肠炎即可自行缓解；
2、患者反复出现腹痛、腹泻，大便带有黏液脓血，病理检查提示是慢性结肠炎的基础上，出现隐窝脓肿、隐窝炎等表现，考虑是溃疡性结肠炎。治疗方面可以口服美沙拉嗪，配合美沙拉嗪栓剂的治疗。如果疾病较重，并且伴有深大溃疡，还需要排除有无合并感染的可能，比如合并巨细胞病毒感染，以及难辨梭菌感染，均有可能导致治疗的 效果不佳。如果重症直肠炎，对于溃疡性直肠炎而言，必要时甚至需要应用激素或者生物制剂进行治疗。