鼻咽癌放疗副作用主要包括急性反应、远期并发症。急性反应主要为急性黏膜炎、皮肤炎，一般照光1-2周出现轻度黏膜充血；3-4周表现白膜渗出；5-6周后出现浅溃疡或深度溃疡。
腮腺炎可于放疗1-3天内出现，主要为腮腺红肿发热，因放疗后导致腮腺导管闭塞，使腮腺分泌功能受损或唾液排泄不畅形成。常规处理方法为消炎药加激素对症处理。
部分患者出现味觉改变，照光1-2周后出现味觉障碍，对甜、咸、苦味敏感度下降。单一味觉或3-4周后味觉全部消失，导致食欲减退。后期并发症包括口干、颈部纤维化、脑干损伤、内分泌失调等。