典型的亚甲炎可以有高热、剧烈疼痛以及血沉加快，这时可以伴轻微甲亢。其是自限疾病，不做治疗大部分患者会自己逐渐恢复正常。急性期出现高热、疼痛，以及甲亢症状，通常1-2个月即可恢复，所以亚甲炎急性期疼痛需要治疗。
若有明显发热、疼痛，可给予解热止疼药，缓解疼痛。若病情较重、面积较大，缓解疼痛通常用糖皮质激素、强的松这类药物，短期用1个月左右即可。糖皮质激素、强的松副作用影响不大，短期可以用。所以治疗很简单，一是解热止疼，必要时应用少量糖皮质激素。若症状轻不用做任何治疗，只要定期查血，观察2-3月可以自行恢复。
亚甲炎也称为亚急性甲状腺炎，是由于自身免疫相关的一些疾病引起甲状腺炎性反应，不是感染性炎症，而是免疫性炎症。比如前面出现感冒、病毒感染，若干时间以后甲状腺类似于过敏反应，开始发炎，引起甲状腺损伤，损伤以后若面积大可以有疼痛、发热等类似于感染。