真菌孢子是真菌在自然界的繁殖形式，不同的真菌都有其特有的孢子，其形状大小各不相同，分为无性孢子和有性孢子两类。孢子是由特化的菌丝产生，是真菌的生殖结构，在显微镜下呈圆形或椭圆形，有的呈藕节状，刮取的皮肤标本经10%的氢氧化钾溶解角质层，通过显微镜直接观察菌丝和孢子，依据显微镜下的孢子和菌丝的形态，可以初步判定真菌的种类。
真菌孢子也可通过革兰氏染色、姬姆萨或是瑞氏染色后直接镜检。显微镜下有的孢子像一节莲藕、有的像几粒佛珠、有的卵圆形、有的椭圆形抛开其致病性存在一定的美感，但是其一旦成为人体感染菌，是比较顽固的，需要经正规的治疗，症状消失后还要巩 固一段时间方可停药。