衣原体和支原体都属于致病微生物，广泛存在于自然界，但是有不同。致病微生物中细菌和病毒最常见，衣原体和支原体是介于细菌和病毒之间病原微生物。
很早以前认为衣原体是病毒，后来发现衣原体有细胞壁，所以特点和细菌类似，对抗生素敏感，最耳熟能详的是沙眼衣原体，它引起各种眼部疾病，如沙眼、结膜炎、鹦鹉热。
最近发现肺炎衣原体，引起很多上呼吸道、下呼吸道以及心血管方面疾病。
支原体和衣原体有区别，肺炎支原体以及另外几种支原体同样可引起呼吸道以及泌尿生殖道一系列疾病。支原体除肺炎支原体外，还有解脲支原体，是生殖系统疾 病致病原。