阿莫西林属于青霉素类抗菌药物，最严重的不良反应是过敏反应，严重不良反应会导致大面积皮疹、呼吸困难、过敏性休克等，过敏反应不会自己消失，需要紧急前往医院抢救，若抢救不及时可引起生命危险。
因此，在使用阿莫西林类青霉素前要问以前有没有青霉素过敏史、做皮试，若不良反应轻症，如轻度皮疹、轻度药物热，轻度哮喘、恶心呕吐等胃肠道反应，停药后5-7天会逐渐消失。
阿莫西林还有其它不良反应，如导致贫血、血小板减少，导致肝脏转氨酶的轻度增高。所以阿莫西林过敏若是严重会引起过敏性休克，要紧急抢救，若轻症 通常1周左右症状会消失。