肠系膜淋巴结发炎，治疗相对复杂，在炎症治疗前应先针对原发性病灶进行治疗。因为肠系膜淋巴结发炎，通常因为胃肠道被细菌感染，细菌突破肠道的黏膜，进入黏膜下层、肌层，引起肠壁肌层的感染。细菌入血后，被肠系膜淋巴结所拦截，从而引起肠系膜淋巴结炎。若患者因为感染性腹泻引起的肠系膜淋巴结炎，则应先查明致病菌的种类，选择使用抗生素的方法，如口服、静脉输注等。
若患者因肠梗阻，即肠腔内的食物滞留时间过长导致的感染，应先通过各种方法治疗肠梗阻，如灌肠、禁食、禁水、胃肠减压，以及必要时进行手术。原发病因得到治疗后，肠系膜淋巴结炎才可得到有效的治疗。肠系膜淋巴结炎作为一种炎症反应，使用抗生素是很重要的治疗方法，但是一定要在原发病得到控制时，进行治疗。