慢性中耳炎一旦引起鼓膜穿孔，会表现为化脓性流脓，鼓室内的脓液会顺着穿孔流出，鼓室内也会被细菌感染，针对这种穿孔，首选的治疗还是手术治疗，当用药把化脓性中耳炎的脓流干净后，干耳1周以上，就可以考虑做鼓膜修补的手术。
当然有的慢性化脓性中耳炎，时间过长在骨室内形成肉芽，在手术的过程中，也要把肉芽先清除掉，有的中耳炎甚至形成胆脂瘤，那么要把胆脂瘤彻底切掉，而且这种肉芽和胆脂瘤，如果影响到了听骨链，听小骨受损，还要把残留的听小骨清掉，然后用以人工代替，来恢复听力。
所以慢性中耳炎，如果一旦引起鼓膜穿孔，要通过检查来判断，有没有引起肉芽和胆脂瘤的存在，通过中耳CT、耳内镜等检查可以确定，如果没有这些重症表现，单纯的骨膜穿孔可以给予修补，如果有肉芽和胆脂瘤，要把肉芽和胆脂瘤清干净，再进行鼓膜修补，是这样的一个流程。