若存在细菌性腹泻，患者需服用抗生素，首选抗生素为喹诺酮类，如利复星，即甲磺酸左氧氟沙星。对于腹泻较严重的患者，可以静脉点滴可乐必妥等抗生素。但14岁以下的儿童尚处于生长发育中，不宜使用喹诺酮类药物，此时可使用头孢他啶、头孢克肟等三代头孢，对于轻症腹泻的儿童可以服用偏广谱的抗生素，如阿莫西林等抗生素。
除抗感染治疗之外，细菌性腹泻的患者还可以适当口服补液盐，以防水电解质失衡，可以补充钠盐、钾盐，防止电解质紊乱，若患者腹泻明显好转，可以适当加用黄连素以缓解症状。腹泻患者服用抗生素后，可以适当使用益生菌类药物以调节肠道菌群。因为抗生素存在强力的杀灭细菌作用，有益菌也会受到影响，所以患者可以补充益生菌，有利于身体恢复，可以防止疾病慢性化。