出现肝功能的异常时通常有肝组织的损伤，肝组织损伤先表现出的是肝功能异常，如转氨酶升高、胆红素的升高。肝细胞的长期损伤后，会出现肝组织内炎症的改变，即为肝炎，但肝炎并不一定都是病毒性肝炎，其他原因同样也可以导致肝组织的炎症。有肝组织的炎症便会有纤维化，而纤维化是进展性病变，随着肝纤维化程度越来越重，便会逐渐发展为肝硬化。
但由于每个人的病因不同身体情况也不同，进展的程度也不同。有的人可能肝功不正常一直都进展到肝硬化，但是有人2-3年便会进展到肝硬化。所以如果肝功能异常没有经过有效的治疗，病人进展到肝硬化甚至失代偿性肝硬化，甚至 是进展到肝癌。所以肝功能异常的恶性后果，是终末期肝病的结果。