儿童肥厚型心肌病的预后与多个因素相关，具体如下：
1、产生肥厚型心肌病的原因是特发性的，且合并遗传代谢性疾病，发病年龄较小而且病情严重程度较重的患儿，一般预后较差；
2、合并遗传代谢病，如庞贝氏病的患儿，同时合并心肌肥厚，需要特定的药物治疗。如果不能进行及时治疗，其预后较差；
3、肥厚型心肌病，若同时合并恶性心律失常，其猝死的发生率也较高。
因此，患儿的预后与其年龄、合并疾病的状况、有无猝死的家族史，晕厥的原因及左室肥厚的严重程度有关。并且且患儿在运动后的血液反应，及有肌钙蛋白基因的突变存在，这些高危因素对儿童是预后不良的标志。因此，对儿童一定要进行仔细评估，根据儿童的情况进行不同的观察、处理，甚至有些儿童需要手术治疗来改善其预后。