肛瘘手术的时间取决于肛瘘的复杂性。低位单纯性的肛瘘，患者麻醉完成后，一般30分钟就可以解决肛瘘问题。但是高位复杂性肛瘘，在治疗的过程中需要采取挂线的治疗方法，甚至其他更为复杂的手术方法，可能需要1个小时、2个小时。
特别复杂的肛瘘，如果瘘管的位置比较深、创腔比较大，在手术的过程中创腔越深、血供越丰富，并且容易出血。在出血的过程中，如果不及时处理，可能甚至时间更长。
所以肛瘘的手术究竟要多长时间，并没有明确的时间规定，主要是要看患者肛瘘的复杂程度，以及手术医生对于肛瘘疾病的认知程度、所从业的过程、临床经验、 对肛瘘手术的熟练程度，这都是影响肛瘘手术时间的重要因素。