胃镜检查一般安全，但是也有一定的风险性，操作的过程中，病人要理解这些情况，医生也应该谨慎操作。胃镜检查是一种侵入性检查，要插入人体自然管道里。
因为是侵入性检查，因此，具有一定的风险。比如插管时，咽喉部的损伤、胃黏膜损伤，存在这些风险，偶尔也有因为胃镜操作导致食管穿孔或者其他脏器穿孔的报道。但如果按照正规的操作进行，相对胃镜也还是一种比较安全的检查。
另外，在胃镜的检查过程中，可能因为有病变，需要钳取活检，在取活检的过程中，患者可能会出血。
甚至有一些特殊病例，比如淀粉样变性的病人，胃黏膜组织本身比较脆，比较 不容易止血，或者有些病人，比如老年人长期服用抗凝药物，如阿司匹林、氯吡格雷等抑制血小板聚集的药物，可能会增加活检后出血的风险。