药物流产主要针对怀孕在四十九天以内，超声下胎囊直径在2cm以内的早期妊娠病人，先要确认孕妇是否有米非司酮和米索前列醇的过敏史。还要确认是否有禁忌症，米非司酮的禁忌症主要是肝功能和肾功能的异常，而米索前列醇属于前列腺素类药物，禁忌症主要包括青光眼、哮喘、严重高血压等。确认没有过敏史和禁忌症以外，结合超声检查和停经的天数可以进行药物流产。
药物流产的两种药物分两次服用，先服用米非司酮，服用前后两个小时不能进食，服药之后可以正常活动，第二天也可以正常活动、饮食。在服用米非司酮之后的四十八小时即第三天中间间隔一 天，早晨要服用米索前列醇，需要空腹，而且服药以后大约半个小时会出现腹痛、阴道出血的症状，所以服用米索前列醇当天不能进食，直到胚胎完整排出。一般大多数胚胎在服用米索之后六个小时之内排出，这段时间需要在医院观察。