预防胆管结石的复发，最关键是手术避免损伤胆管。胆管一旦损伤，将来会有狭窄，必然产生结石。如果胆囊引起结石，患者需提前治疗胆囊，不要等发生胆管结石、胰腺炎后再进行治疗。胰腺炎有时也会引起胆管狭窄，容易出现结石，所以是预防为主。
将胆囊切除后很多医生或者病人都有一个概念是吃的清淡、少油，实际上有弊端，少吃油则胆汁减少。胆汁少则容易在胆道系统的淤积，胆汁量不充沛。所以有时只要保持通畅，胆汁量充沛的情况下，胆管反而不容易生结石，所以有时鼓励病人尽量吃好。
纤维十二指肠镜进入以后尽量不切开乳头，不切开下面肌肉的阀门，一旦损伤易导致结石。