功能性腹泻的用药，分西药和中药。西药的用药范畴都是要有指征，功能性腹泻属于菌群失调、菌群紊乱的患者，需要有便培养作为临床依据，如果便培养提示菌群失调、紊乱，或者哪种菌属有缺失，要对症进行益生菌补充。还有一部分患者是自主神经系统失调导致腹泻，需要进行心理测评诊断从而进行调节神经药物介入。
中医根据不同病因有不同的用药，最常见的外感六淫湿邪功能性腹泻，跟气候、作息、居住环境都有关系。外感以湿邪多见，老百姓经常喝的一种药为藿香正气水，以健脾化湿祛暑为主。饮食不适导致功能性腹泻和进食相关，最常用的是保和丸。情志不畅导致腹泻，目前也有成药、痛泻药方在药店都能买到。长期腹泻导致脾肾阳虚，如果单有脾气虚、脾阳虚可以用参苓白术散，如果发展到脾肾阳虚、腰困、四肢发凉可以用四神丸，药店可以买到。