胃肠道穿孔后消化液溢入腹腔，主要是引起腹部剧烈疼痛，所以胃肠道穿孔主要要与腹痛的疾病进行鉴别，具体如下：
1、急性胆囊炎：引起腹痛位置主要在右上腹，表现为阵发性腹痛，或者持续性腹痛，呈阵发性加剧，且多伴有右肩部的放射痛，做腹部超声检查可以看到胆囊壁增厚，胆囊有结石，有些急性胆囊炎合并胆囊坏疽、穿孔时，也会引起弥漫性腹膜炎表现，与胃肠道穿孔有时会混淆，但是坏疽性胆囊炎引起穿孔，通常在腹部立位片中看不到膈下游离气体；
2、急性胰腺炎：腹痛通常位于中上腹或者中上腹偏左位置，呈循序渐进过程，不像胃肠道穿孔会突发剧烈腹痛，而且急性胰腺炎患者，在做腹部CT时可看到胰腺的水肿，以及胰腺周围的渗出，查血尿淀粉酶可以发现血尿淀粉酶有升高；
3、急性阑尾炎：胃、十二指肠小穿孔的患者，消化液通过右结肠旁沟流到右下腹，引起转移性右下腹痛，有时候和急性 阑尾炎很难鉴别，但是这类患者的腹部体征通常比急性阑尾炎更厉害，除了右下腹有压痛，往往压痛最明显的部位是在上腹部，而急性阑尾炎患者的压痛主要位于右下腹，而且做腹部立位片检查时，阑尾炎没有膈下游离气体，而胃肠道穿孔可以看到膈下游离气体。