小肝癌的诊断方法主要是通过对肝癌高危人群定期的影像学筛查和肿瘤标记物筛查来确诊，也有的患者是在无意当中体检发现的肝脏占位，通过进一步检查来确诊。肝癌的高危人群包括慢性肝炎病毒感染、特别是乙肝和丙肝患者、长期饮酒、严重的脂肪肝患者，或者是食物、水被黄曲霉毒素所污染，经常接触化学致癌物质以及有不明原因的肝硬化、肝癌家族史，对于此人群至少每半年要进行腹部超声和甲胎蛋白的筛查，以早期发现肝癌的迹象。
在体检的时候发现肝脏占位，而普通超声又没有办法来确诊时，则需要通过腹部增强CT或腹部增强核磁，通过特异性的造影剂来确定肝脏占位的性质。典型的肝癌在增强CT或核磁上可以呈现为快进、快出的特点，对于诊断不清或者是高度可疑肝癌，而又没有办法确诊的时候，还可以通过肝脏穿刺活检来确认病灶的性质。