乙型肝炎E抗原属于乙肝病毒核心颗粒中一种可溶性蛋白质，是乙肝五项中的第3项，乙肝E抗原阴性的原因主要如下：
1、未被感染过：乙肝病毒的健康人群，此时除乙肝E抗原阴性，乙肝五项中其他指标同样为阴性，表示从未被感染过乙肝病毒，而接种过乙肝疫苗并产生抗体的人群，仅会有乙肝五项的第2项，即乙肝表面抗体阳性；
2、感染过乙肝病毒：乙肝患者E抗原阴性，常是因为患者发生持久的血清学转换，由乙肝五项中第1、3、5项阳性，即大三阳，转变为乙肝五项中第1、4、5项阳性，加小三阳，或乙肝五项中第1、5项阳性，即小二阳。此时患者常处于乙肝免疫控制期，乙肝病毒DNA定量多为阴性，代表病毒不复制或低水平的复制，传染性很低。如果乙肝E抗原阳性，即大三阳，常代表病毒复制活跃，患者具有很强的传染性。如果乙肝五项第4、5项阳 性，此时提示患者既往感染过乙肝病毒，或处于乙肝感染恢复期。如果乙肝五项第2、4、5项阳性，表示患者既往感染过乙肝病毒，但已经恢复了，并且在体内产生保护性的抗体。