男生结扎通常没有特别严重的危害，但是其是一种微创的手术治疗，通过切断输精管来阻止精液的传输，从而达到永久避孕的目的。作为一种微创的手术治疗，其临床上可能会存在着一些并发症以及不适的反应，如切口的感染、红肿、疼痛、缝线反应。
输精管的切断结扎可以出现痛性的结节、精液的排出受阻，甚至可以引起附睾瘀滞症。临床上也可以出现相应的一些坠胀、不适等临床表现，而有时也可以产生抗精子抗体的形成。
而且输精管的结扎有时需要再通，这种几率相对较低，再次恢复生育的可能性也较小。因此在结扎之前应谨慎，需要仔细考虑，来进行相应的选择，并没有特别严重的危害。