碎石方法包括体外冲击波碎石及腔内碎石，首先体外冲击波碎石肯定对肾脏会造成一定影响，比如血尿，甚至出现肾血肿。冲击波碎石对肾结石治疗，在术前要进行严格的检查，比如凝血功能检查，有无存在泌尿系感染，如果存在泌尿系感染，要控制感染；存在凝血功能障碍，需要纠正凝血功能障碍，才能进行体外碎石。并且体外碎石对结石大小的选择要严格控制。
结石大于2cm，不主张体外碎石，腔镜下碎石对肾脏影响分两个部分。如果通过软镜肾结石碎石影响较小，击碎结石块很小，甚至粉末化易于排出。如果经皮肾镜穿刺建立通道后，碎石穿刺部位对肾脏有影响，但都可控并可恢复。