由于儿童卵黄囊瘤是高度恶性的肿瘤，其治疗效果、预后效果由多种因素决定。恶性肿瘤通常需要进行手术切除，如果外科医生可以完整将肿块切除，术后病理提示为卵黄囊瘤，术后通常需要给予4-6个疗程的化疗，建议给予铂类化疗药物。经过规范的治疗，这部分儿童的预后非常好，这是对于没有远处转移的儿童，长期生存可以达到90%以上。
如果在诊断时已经发生远处转移，或者由于肿瘤影响，肿块侵袭到椎管内，导致不能走路、肢体瘫痪、大小便失禁等，此时外科医生很难完全将肿瘤切除，即使给予化疗，部分肿瘤由于发生耐药，预后会大打折扣。此种情况通常会在手术化疗以后，少部分儿童会给予局部的放疗，目的是改善预后，这部分儿童的长期生存率可能会降低到40%或50％。但这是群体的数据，具体到每个儿童的生存情况，与肿瘤切除是否干净、是否接受化疗以及必要时的放疗，另外对于化疗是否敏感等因素有关。