直肠息肉切除手术应根据不同的情况进行具体治疗，如果能够早期发现，息肉比较小，还没有恶变，可以在肠镜下切除。如果肠镜下切除困难，可依据病变部位进行手术治疗。若位置相对比较低，可以在手术室经肛完整切除，而TaTME手术(经肛全直肠系膜切除术)可用于处理比较困难的直肠息肉。
若息肉已经癌变，而且比较困难，比如男性的盆腔比较小，病变大，肠子相对较细，可以交给外科医生通过手术来治疗。直肠息肉发生癌变，相对而言是不愿意看到，早期的癌变还是可以首选肠镜治疗，比如ESD手术(内镜黏膜下剥离术)，现在叫做硬镜，能够把直肠息肉恶变进行早期治疗。如果病变发展到一定程度，淋巴结有可能发生转移，需要外科医生进行手术，可以做腹腔镜把肠段切除，加上淋巴结根治性的清扫，相对来说是最彻底。