掌骨疼痛的病因主要有以下几种：
1、外伤：是最为常见的原因，日常生活中手部的外伤，如摔伤、挤压伤，或者其他撞击伤，发生几率较高。在外伤的致病因素作用下，可以造成手掌掌骨发生骨折，骨折后会造成局部剧烈疼痛、畸形、功能障碍，严重则造成开放性损伤，皆需要手术处理；
2、骨髓炎：是发生于骨膜、骨质和骨髓的化脓性炎症，如果侵犯到掌骨，就可以造成局部的剧烈疼痛，严重会伴有骨质破坏、病理性骨折，以及局部脓肿的形成；
3、类风湿关节炎：多数侵犯小关节，手掌部位也会被浸润，尤其是掌指关节部位，可能出现类风湿性 滑膜炎，造成关节软骨破坏、滑膜组织增生，然后掌指关节出现畸形，活动时伴有严重疼痛；
4、肿瘤：如掌骨上的内生软骨瘤、骨软骨瘤，或者其他的恶性肿瘤，皆可以诱发局部疼痛，同时伴有肿块形成，需要根据病理活检结果确定性质，然后进行针对性治疗。