小儿隐睾手术最常见的后遗症是生育率下降、隐睾复发、睾丸萎缩和睾丸癌变，具体如下：
1、生育率下降：研究发现单侧隐睾及时手术，患儿生育率与正常男性基本相同，双侧隐睾患儿生育率会出现明显下降；
2、隐睾复发：隐睾复发多发生在术后数天至1年不等，以术后2周左右睾丸回缩较为常见，复发后需要再次手术进行治疗；
3、睾丸萎缩：睾丸萎缩发生率大概占5%-10%，主要与就诊时睾丸异位的严重性有关。腹腔高位隐睾术后睾丸萎缩风险较大，远远大于腹股沟区或阴囊入口处的低位隐睾，术前本身发育较小的睾丸也容易发生萎缩；
4、睾丸癌变：流行病学研究发现，隐睾患者发生睾丸生殖细胞肿瘤的风险增加5-10倍，尤其是腹腔内隐睾或双侧隐睾。早期行隐睾下降固定术能降低睾丸恶变概率，但术后发生睾丸恶性肿瘤风险仍较正常人高。
总之，隐睾患者手术后需要定期进行复查，即使是青春期，甚至成年以后，仍需定期复查。