儿童卵黄囊瘤预后比较好，大部分患儿就诊时没有明显症状、体征，只是由于其它原因做腹部影像学检查偶然发现。大部分是Ⅰ期或者Ⅱ期，真正晚期远处转移的患儿比较少，经过手术能够完整的切除，术后给予化疗，并且密切观察、随访，大部分患儿几乎都能够长期存活。
有局部转移者，也就是Ⅱ期、Ⅲ期的患儿，经过规范的治疗，长期无病的生存率也在90%以上。有远处转移的患儿，如果能够规范的给予新辅助化疗、手术，术后继续给予化疗，并且能够严密监测肿瘤标志物，也有80%的患儿有可能长期存活。总之，卵黄囊瘤的患儿如果发现比较及时，经过规范的治疗，大部分 能够长期存活，其预后也比较好。