黄葵胶囊和百令胶囊虽然都可以治疗肾脏病变，但是两种药物存在一定的差别，通常无法明确比较黄葵胶囊和百令胶囊哪个效果好，并且由于存在个体差异性，患者用药后的效果也会有所不同，建议出现不适症状时，在医生指导下选择相应药物治疗。
黄葵胶囊的主要成分为黄蜀葵花，味微甘，苦，具有清热利湿等功效，可以用于治疗慢性肾炎引起的浮肿、腰痛、蛋白尿、血尿等症状，服用后可能会出现上腹部胀满等不适。而百令胶囊主要由冬虫夏草等成分组成，具有补肺肾、纳气等功效，对于肺肾两虚引起的咳嗽、腰背酸痛等有一定的治疗作用，并且还可以辅助治疗慢性支气管炎、慢性肾功能不全等，部分患者服用后可能会出现咽部不适等症状，但临床中较为少见。
由于两种药物的功效和不良反应等方面存在一定的差异，因此，无法比较哪个药物效果好，如果患者出现肾脏病变，可能遵医嘱服用黄葵胶囊比较好，如果患者同时出现肺部和肾脏病变，可能服用百令胶囊比较好。但是需要注意，所有的药物都应该在医生指导下使用，避免用药不当对机体造成伤害，如果出现严重不良反应，如头晕、 乏力等，也可以到医院中医科、肾内科等相关科室就诊，咨询医生是否更换药物治疗。