性别认知障碍主要是由遗传因素、生物学因素、心理社会因素导致的，是指对自身性别和解剖性别相反，在临床上又叫做性别认同障碍。
1、遗传因素：性别认同障碍是一种性心理障碍疾病，会导致性别认知障碍，一般是由于遗传因素导致的现象，如果父母或者家属有性别认同障碍，后代患病的几率要比正常人群较高。
2、生物学因素：在胎儿期的激素水平对于大脑的影响也比较大，可能会直接影响大脑的发育能力、控制能力、认知能力等，如果在发育中出现异常现象，有可能会导致出现性别认同障碍。
3、心理社会因素：如果小时候心灵上受到过伤害，如不良性经历，会对患者造成较大创伤，也会导致患者出现心理阴影，长期就会形成固定的状态。另外，如果对患者灌输同性的知识教育，家长教育引导不当，经常将女孩装扮成男孩，或者是男孩装扮成女孩，也会导致性别认同障碍。
若出现性别认同障碍，建议及时到医院精神心理科就诊，通过性激素检查、染色体检查、精神检查等明确具体情况后，积极进行行为治疗、认知疗法治疗等。