四磨汤口服液副作用暂未明确，但经中医辨证后满足四磨汤口服液用药指征者，应按照医生指导合理口服四磨汤口服液调理身体。
四磨汤口服液内有木香、积壳、乌药等物质，一般包含疏通气机、促使上逆的气下降、镇痛等好处，能减轻婴幼儿乳食积滞证，表现为腹胀、哭闹、食欲差、便秘等现象，可缓解中老年气滞食积证，此类患者多伴随腹部胀满、腹痛等症状，还能用于腹部术后促使消化道功能。四磨汤口服液为中成药，较为温和，中医临床尚未明确四磨汤口服液的不良反应或副作用。
不过处于孕期、肠梗阻、对四磨汤口服液过敏者，一般不应服用四磨汤口服液，以免损及胎儿健康，加重胃痛、呕吐等肠梗阻现象，或引起丘疹、喉咙肿痛、心率增快等过敏现象。符合四磨汤口服液适应证的术后患者，通常要在术后12小时左右初次用药，之后间隔6小时再服用一次，然后按照说明书或医生指导继续服药。
若四磨汤口服液存在轻微沉淀，多为正常现象，将四磨汤口服液摇匀后可直接服用，药物疗效并不会被破坏。服药时还应戒掉烟酒并且避免熬夜，合理进食水果、菌菇类食物。