鳞状上皮细胞偏高可能是非疾病因素导致，也可能是疾病因素导致，如尿路感染、阴道炎、子宫颈炎、鳞状上皮细胞癌、结石等。
一、非疾病因素：
鳞状上皮细胞主要来自尿道、阴道表层、子宫、输尿管下部、膀胱等部位，受雌、孕激素水平影响可能会出现增生或者脱落，可能在阴道分泌物检查中发现鳞状上皮细胞增高，同时阴道分泌物流入尿液，也会使鳞状上皮细胞偏高，一般属于正常的生理现象，不需要进行治疗。
二、疾病因素：
1、尿路感染：患者发病时会使泌尿系统的鳞状上皮细胞明显脱落，从而使患者的鳞状上皮细胞偏高，患者还会出现尿频、尿急、尿痛等症状。此时患者可在医生的指导下使用呋喃妥因肠溶片、注射用头孢他啶等药物进行治疗，还可在医生指导下进行手术治疗，比如包皮环切术、体外冲击波碎石等。
2、阴道炎：多与性活动频繁、激素变化等因素有关，局部受到炎症刺激时会使鳞状上皮细胞脱落，从而使患者的鳞状上皮细胞体积偏高，还会出现外阴瘙痒、疼痛等症状。此时可在医生的指导下使用替硝唑氯化钠注射液、甲硝唑片等药物进行治疗，该疾病一般不需要进行手术治疗。
3、子宫颈炎：一般是由病原体感染、阴道菌群紊乱等原因导致，患者发病时会导致子宫颈黏膜受损，使子宫颈鳞状上皮大面积脱落，从而使患者出现鳞状上皮细胞偏高的症状，还会出现白带分泌增多、阴道异常出血等症状。此时患者可在医生指导下使用注射用盐酸大观霉素、注射用盐酸多西环素等药物进行治疗。
4、鳞状上皮细胞癌：不论低度鳞状上皮内瘤或者高度鳞状上皮内瘤都可能会导致鳞状上皮细胞出现明显脱落，还伴有全身乏力，疼痛等表现。患者需要及时进行手术切除治疗，术后可以同时进行放疗、化疗，预防肿瘤复发。
5、结石：如消化系统或泌尿系统的结石，使引起结石周围的黏膜脱落，从而出现鳞状上皮细胞增高的情况。此时患者需要进行手术取石，同时可使用抗感染药物，如头孢呋辛酯片等。
如果体检发现鳞状上皮细胞偏高，应及时就诊于泌尿外科、妇科，进行尿常规、白带常规等检查，确诊后在医生指导下进行治疗，患者要每3个月到医院进行复查，医生可观察身体恢复情况，调整治疗方案。