头疼拉肚子可能是消化不良、胃肠型感冒、急性胃肠炎、细菌性痢疾、食物中毒、脑出血、败血症等疾病导致，需要去医院做规范的检查了解到自身病情，然后通过药物治疗帮助病情逐渐改善。
1、消化不良：如果患者存在暴饮暴食或长期进食油腻、不好消化的食物，就有可能加重患者胃肠负担，出现消化不良、腹痛、腹泻等症状，有可能会影响患者睡眠，从而导致大脑不能及时得到休息造成头疼。可遵医嘱使用双歧杆菌乳杆菌三联活菌片、双歧杆菌四联活菌片等益生菌药物促进消化。
2、胃肠型感冒：胃肠型感冒大多数是由于机体被病毒入侵感染所造成，会导致胃肠功能紊乱，伴随腹部疼痛以及拉肚子。此时由于病原体感染有可能导致发热、头痛等症状，还可伴随食欲减退、鼻塞流涕等症状。可遵医嘱使用蒙脱石散止泻，还可使用利巴韦林片等抗病毒药物治疗。
3、急性胃肠炎：急性胃肠炎一般是饮食不卫生，比如吃了一些被污染过的食物导致。急性发作时会受到炎症感染，引起头疼拉肚子、腹痛、恶心、呕吐等症状。症状严重时还有可能出现发热，可导致耗氧量增加，造成大脑缺氧而出现疼痛。可遵医嘱使用阿莫西林胶囊、头孢克洛颗粒等抗生素药物治疗。
4、细菌性痢疾：一般为细菌感染引起，可能是自身抵抗力低下或者是不规律生活习惯所造成，会伴随持续性腹泻。如果出现中毒性菌痢，还会表现为中枢系统症状，从而引起头疼，还可伴有呕吐、脓血便等症状。需要及时通过口服蒙脱石散止泻药物治疗，也可以联合阿莫西林胶囊等抗生素药物改善。
5、食物中毒：一般是吃了打过农药的食物或者是过期食品导致，会对胃肠道黏膜产生刺激，诱发中毒性表现，会引起持续性拉肚子、恶心、呕吐以及发烧。毒素也有可能影响中枢神经，从而引发头痛、呼吸困难等，需要及时去医院通过催吐或者洗胃的方法改善。
6、脑出血：与肥胖、酗酒、吸烟，以及高血压、动脉硬化等原因有关，可导致脑血管破裂，造成脑出血。此时由于血液刺激压迫神经，可出现疼痛症状，还可出现偏瘫、视物障碍等表现，如果出现应激反应，也有可能引起腹泻，可及时遵医嘱进行手术治疗。
7、败血症：主要由于细菌、病毒等病原体入侵机体导致，如果毒性较强就有可能出现败血症。此时病原体可在全身各处出现，当刺激中枢神经时就可出现头痛、头晕等症状，当刺激消化系统时，就会出现恶心呕吐、腹痛腹泻等表现，还可能出现高热、皮疹、关节痛等问题。可遵医嘱使用头孢克肟颗粒、阿莫西林胶囊等抗生素治疗。
此外，如果患有菌血症、偏头痛等疾病也有可能出现类似症状。如果出现时间较长或伴随其他异常症状，可及时至消化内科就诊，完善体格检查、便常规检查、血常规检查等，确诊后及时遵医嘱治疗。日常生活中还应注意饮食卫生，避免进食不洁的食物，注意保暖，避免情绪过于激动等。