建档后做NT检查是否免费，需要根据相应的政策决定，建档的时候会做一系列检查，但里面一般不包含NT检查，因此大部分地区做NT检查可能需要自费，但是有一些地区可能有政府补贴，因此是免费的。
建档是国家妇幼保健机构对孕产妇及新生儿进行连续跟踪管理，一般是在怀孕12个周时建立档案。
建档的时候会做一系列检查，主要包括血液检查的基本化验检查，以及梅毒、艾滋病、乙肝、丙肝这些传染性疾病的筛查，还需要做TOPCH全套检查(优生优育检查)。
但是上述检查里面没有NT检查，NT检查通常需要自费，部分地区或者是医院可能会有相关免费政策，孕妇可以详细咨询所在社区的医院，询问具体情况。
另外需要注意的是，无论NT检查是否收费，孕妇在怀孕期间都应积极前往产科进行NT检查。NT检查是用超声检查的方法，测量胎儿颈项透明层厚度(NT)，一般推荐在怀孕11-13周(＋6天)进行检测。
进行NT检查，可以早期筛查胎儿是否有染色体疾病或者是先天性心脏病，如果NT检查≥3.0mm，一般属于异常情况，还需要进一步进行无创DNA或者是有创的产前诊断来明确具体情况。