胃肠道间质瘤有良性，也有恶性。胃肠道间质瘤是消化道最常见的间叶源性肿瘤，可发生于食管至肛门的任何位置，以胃部最为常见，好发于中老年人，性别差异不明显，但男性略多于女性。
在胃肠道间质瘤初始阶段，通常是良性病变，此时肿瘤体积相对较小(≤2cm)，肿瘤细胞有丝分裂速度较慢，对患者胃肠功能和健康影响较小，多无明显的临床症状。
当胃肠道间质瘤逐渐增大，比如＞2cm，肿瘤细胞有丝分裂率增加，就可能发生恶变，且肿瘤体积越大，恶变的可能性越大，恶性程度越高，一旦发展为恶性病变，病变的发展速度会加快。临床表现主要为消化道症状，包括胃肠道出血、吞咽困难、腹痛、腹部肿块，甚至肠梗阻，还会伴随血便、消瘦、疲劳。此外，还可能发生淋巴转移和远处转移，导致器官功能受损严重，出现自然寿命明显缩短，而且预后较差。
若怀疑存在胃肠道间质瘤，建议到正规医院的肿瘤内科就诊，进行X线造影检查、CT检查、病理学检查等，以明确诊断，并在专业医生的指导下进行手术治疗，术后还可以进行放疗、化疗等综合性治疗。