三氯醋酸在医学方面的作用主要是腐蚀、收敛、止血、消毒，常用于辅助治疗皮肤疾病，属于强酸性制剂，高浓度的三氯醋酸腐蚀性比较强，因此应严格在医生指导下用药，以防引起或加重皮肤损伤。
三氯醋酸用于临床时以水溶液为主，1%三氯醋酸水溶液可作为收敛剂，用于辅助治疗多汗症；25%三氯醋酸水溶液常用于白癜风，有助于刺激皮肤，对促进色素生成有一定帮助；30%-50%三氯醋酸水溶液有腐蚀性，主要用于用于胼胝、鸡眼、寻常疣、扁平疣、尖锐湿疣、雀斑、睑黄疣、色素痣等疾病的治疗，尤其多用于尖锐湿疣，常与咪喹莫特乳膏等联合使用，可以促进疣体内的蛋白质凝固、变性，达到让疣体脱落的目的。
此外，三氯醋酸有消毒作用，此成分有强烈的刺激性，如果皮肤无异常，不能涂抹，如果皮肤及黏膜部位有溃疡面、糜烂面，或有大量渗液、脓液等，不宜使用，可以等到皮肤干燥后再用药。如果用药后出现明显疼痛、红肿、瘙痒等症状，要及时告知医生，在医生帮助下使用生理盐水等冲洗，防止皮肤损伤持续加重。