连花清瘟有颗粒剂、胶囊剂等，而999感冒灵即感冒灵颗粒，连花清瘟类药物和感冒灵颗粒，并没有哪个药效更好的说法，往往需要结合自身病情，遵医嘱选择合适的药物进行针对性治疗。
连花清瘟类药物属于中成药，主要含有大青叶、葛根、连翘、黄芩、牛蒡子、玄参、桔梗、柴胡等中药材，具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效，可用于治疗热毒袭肺证，缓解高热、鼻塞、流黏涕、咳嗽、头痛、咽干、舌红、黄腻等症状。而感冒灵颗粒为复方药物，主要成分为三叉苦、金盏银盘、野菊花，以及对乙酰氨基酚、马来酸氯苯那敏等，具有解热镇痛的功效，可用于治疗风热感冒病证。
通常连花清瘟类药物和感冒灵颗粒都具有抗感冒的作用，并且主要针对于热邪侵袭，药效都比较好。如果自身对乙酰氨基酚、马来酸氯苯那敏等存在过敏的情况，则可选择连花清瘟类药物进行治疗。如果自身对中成类药物不敏感，则可选择复方制剂，如感冒灵颗粒进行治疗。
日常生活中，患者在服用药物期间，需注意不宜同时服用滋补性中药，在饮食上，尽量选择清淡的食物，避免吃辛辣、生冷、油腻的食物，并且还需忌 烟酒，以免影响到药效的正常发挥。