通常无法判断莫匹罗星软膏和红霉素软膏哪个更好，因为两种药物的成分不同，适应证也有所差异，所以具体使用哪种药物还需遵医嘱根据具体病情而定。患者不可擅自用药，如果出现皮肤感染的情况，建议就诊于皮肤科等科室，遵医嘱进行治疗。
莫匹罗星软膏和红霉素软膏都属于抗生素药物，均可起到消炎杀菌的作用，但两者也存在一定区别。莫匹罗星软膏主要成分为莫匹罗星，对革兰氏阳性球菌感染引起的皮肤炎症能起到治疗作用，如毛囊炎、溃疡合并感染等情况。红霉素软膏的主要成分是红霉素，对多数革兰氏阳性菌、部分革兰氏阴性菌以及衣原体等病原体感染，有一定的治疗效果，通常适用于脓疱疮、小面积烧伤、寻常痤疮等情况。
由于两者存在一定差异，所以并没有好坏之分，可以让专业医生根据患者的疾病情况选择适合的药物进行治疗。除此之外，使用药物期间患者还要注意做好皮肤的清洁卫生，并且也要注意调整饮食，以清淡、易消化的食物为主，应尽量避免辛辣、刺激性食物。