通常藿香正气水效果会比较好，但由于这两种药物的成分有所不同，所以建议患者在医生的指导下使用药物，避免盲目用药，不利于身体检查。
藿香正气水是一种中成药，主要成分是苍术、陈皮、厚朴(姜制)、白芷、茯苓、大腹皮、生半夏、甘草浸膏、广藿香油、紫苏叶油等，辅料为乙醇。藿香正气胶囊的主要成分是广藿香、紫苏叶、白芷、白术(炒)、陈皮、法半夏、厚朴(姜制)、茯苓、桔梗、甘草、大腹皮、大枣、生姜等，辅料为淀粉。藿香正气水中一般含有一定的酒精，由于酒精是温性的，可以帮助蒸化，有利于药物吸收，而藿香正气胶囊中不含酒精，所以从药物功效上判断，藿香正气水效果会比较好。
无论患者是服用藿香正气水还是藿香正气胶囊，都要以清淡饮食为主，如小米粥等。此外，对酒精过敏的患者不能喝藿香正气水，以免身体出现过敏反应，如皮肤瘙痒、皮疹等。患者在喝藿香正气水的时候，不可以同时服用头孢菌素类药，如复方头孢克洛胶囊，以免发生药物相互作用。如果患者服药后出现恶心、呕吐等不适症状，需要及时前往医院的普通内科就诊，完善血常规检查，明确具体的病情。