脚趾甲盖凹凸不平可能是非疾病因素导致，也可能是疾病因素导致，如外伤、皮肤疾病等，需要在医生的指导下进行药物治疗等。
一、非疾病因素：
1、不良的生活方式：比如经常挑食，可能会导致食物中微量元素及各种营养成分摄入不足，导致机体缺铁、维生素C等，此时可能会引起贫血的现象，导致脚趾甲盖供血不足，出现匙状甲。一般可以改善不良的生活方式，增加铁元素食物的摄入，如猪肝、红豆、花生等。
2、不良的环境因素：长期接触化学物质导致脚趾甲盖被化学物质侵袭，也会表现为脚趾甲盖凹凸不平的现象，此时需要及时脱离有害环境。
二、疾病因素：
1、外伤：如果在平时生活工作的时候，脚趾甲盖不小心受到了挤压，或者是受到重物砸击后，很可能会引起外伤，也会导致脚趾甲盖凹凸不平和皮下组织损伤。一般随着时间推移会逐渐生长出新的脚趾甲盖，若伴有疼痛，可遵医嘱使用布洛芬片等药物进行治疗。
2、皮肤疾病：真菌感染、银屑病、灰指甲、甲真菌病、甲沟炎、扁平苔藓等皮肤疾病可能会引起此症状，比如真菌感染患者通常由于不注意脚上的清洁卫生，出现真菌滋生，真菌会对局部组织造成影响，脚趾甲盖会有突出的情况，也会有凹凸不平。患者可遵医嘱涂抹复方酮康唑软膏和复方硝酸咪康唑软膏等药物促进好转。
若出现脚趾甲盖凹凸不平的情况，建议及时就诊于皮肤科，通过真菌镜检、视诊和触诊等检查明确病情，并遵医嘱使用相应的药物进行治疗。