胎儿囊肿能否保留胎儿，与囊肿大小、增长速度、生长位置以及是否造成畸形等综合因素有关。此时可以积极询问医生建议，如果医生认为可以继续妊娠，建议定期复查即可。
胎儿囊肿可能与多种情况相关，如孕妇服用可能导致胎儿畸形的药物，或宫腔环境异常等。如果囊肿体积比较小，且多次复查后未见明显生长，而且生长位置不在重要部位，如脑、颈椎等，也未见胎儿出现畸形，通常可以保留胎儿，但是要定期到产科随访，随时观察胎儿以及囊肿发展情况。
但是如果多次检查后发现囊肿有生长且速度相对较快，且压迫胎儿脑部、颈椎、腰椎等重要部位，此时胎儿可能会出现畸形，如果明确存在畸形，则不建议继续保留胎儿，防止胎儿在妊娠孕晚期夭折或出生后存在异常，增加家庭以及社会负担。
女性怀孕后建议遵医嘱定期进行产检，防止胎儿在无胎动前出现异常无法尽早发现。若两次或多次怀孕后均出现胎儿囊肿的问题，则建议进行产前诊断的基因检查，查明是否有基因缺陷的问题。如果明确则可以通过人工辅助生殖技术进行筛选后妊娠，能够在很大程度避免上述不良情况再次发生。