肺孢子菌是广泛存在于外界环境的机会致病性病原微生物，其传播途径较多，以隐性感染激活常见，但也可能通过空气传播、飞沫传播的方式传播。同时，还可通过接触传播、胎盘传播等途径传播。
1.隐性感染激活：部分人群可能是由于肺孢子菌经呼吸道进入后，在呼吸道黏膜表面定植。因其免疫功能较强，可能并不致病，发生隐性感染。但是，当免疫功能下降，肺孢子菌可被激活，进而发展为肺孢子菌肺炎。
2.空气传播：肺孢子菌广泛存在于自然界，并且当肺孢子菌感染者长期咳嗽、咳痰时，可引起环境中存在含有肺孢子菌的气溶胶或颗粒。在易感人群吸入后便可出现发病。
3.飞沫传播：肺孢子菌多可通过咳嗽、打喷嚏、咳痰、面对面交谈等方式，将肺孢子菌借助飞沫传播给其他人，并经过口鼻吸入后感染。
4.接触传播：由于肺孢子菌可能存在于感染者唾液和痰液内，在日常生活中若不慎接触上述体液，可引起感染。
5.胎盘传播：肺孢子菌可以通过胎盘屏障，从而进入胎儿体内，进而发生感染。
由于肺孢子菌感染多发生于艾滋病患者、长期化疗或应用免疫抑制剂者等免疫功能低下的人群，故而建议外出过程中佩戴口罩，以防止感染的发生。